يرأس الكلية عميد الكلية ويساعده ثلاث وكلاء لشئون التعليم والطلاب وشئون الدراسات العليا والبحوث وشئون خدمات المجتمع وتنمية البيئة. العميد ووكلاء الكلية هم:
أ.د/ياسمين أحمد محمود أحمد
عميد كلية التربية النوعية، جامعة أسيوط
د. ناريمان سعيد إسحق بهنا
وكيل الكلية لشئون الدراسات العليا والبحوث كلية التربية النوعية
د. دعاء عبد المحسن عبد القادر حسين
وكيل الكلية لشئون التعليم والطلاب كلية التربية النوعية