يضم المتحف 1058 عينة من المعادن من مصر وبلدان العالم المختلفة مثل فرنسا، بريطانيا، السويد، ألمانيا، إيطاليا، أمريكا، كندا، روسيا و أستراليا. 

ويضم أيضا خامات مصرية عديدة مجمعة من مواقع مختلفة بالصحارى المصرية.

كما يتواجد فى المتحف الجيولوجى مجموعة من المعادن تسمى بالأحجار الكريمة المعروفة.