يحتوى المتحف على 1168 عينة تمثل الوضع التصنيفى للحفريات بالإضافة الى أنواع عديدة من الحفريات المرشدة التى تميز العصور الجيولوجية المختلفة فى مصر وبلدان العالم من العصر الكامبرى وحتى البليستوسين، إلى جانب العديد من الاحافير النباتية (الأخشاب المتحجرة وأوراق النباتات ) تشير إلى التغيرات المناخية خلال العصورالقديمة.