تأسس قسم البيوتكنولوجيا التطبيقية برؤية لإحداث تأثير من خلال البحث والتدريب القائم على التكنولوجيا. يحتوي القسم على برامج تعليمية وبحثية تشمل مختلف الجوانب الأساسية والتطبيقية للبيوتكنولوجيا الحديثة. يدير القسم بنجاح برامج دبلوم الدراسات العليا والماجستير والدكتوراة. ويهدف لتوفير التدريب الأكاديمي وإجراء البحوث في المجالات متعددة التخصصات للتكنولوجيا الحيوية مع التركيز بشكل خاص على توسيع المعرفة الناتجة عن هذه الدراسات نحو تطوير التقنيات ذات الأهمية التجارية.

يعتبر قسم الاحصاء الحيوي والمعلوماتية الحيوية التطبيقية من الأقسام المتميزة على مستوى كليات جامعة أسيوط والجامعات الأخرى. حيث يهدف القسم إلى إعداد خريج متخصص في مجال الإحصاء الحيوي قادر ومدرب على فهم وتحليل البيانات البيولوجية والجزيئية. بالإضافة إلى إعداد خريج متخصص في مجال المعلوماتية الحيوية التطبيقية قادر ومدرب على فهم وتطوير برمجيات تقنية المعلومات وعلوم الحاسب فيما يخدم مجال البيولوجيا الجزيئية. وذلك لتلبية احتياجات سوق العمل المحلى والإقليمي والدولي بتوفير خريجين لديهم قدرة عالية على إنتاج وتطوير البرمجيات التي تخدم مجالات البيولوجيا الجزيئية والتخصصات ذات الصلة. مما يعمل على ترسيخ الوعي العلمي والبحث التطبيقي في مجالات الإحصاء الحيوي والمعلوماتية الحيوية التطبيقية.

يقدم قسم البيولوجيا الجزيئية خدمة تعليمية وبحثية ومجتمعية متميزة في مجال البيولوجيا الجزيئية على المستوى المحلى والإقليمي من خلال برامج دراسية وبحثية متطورة تعمل على إعداد الخريجين للمنافسة في سوق العمل والبحث العلمي على المستوى المحلى والدولي وتوظيف المعارف والتقنيات الحديثة لحل مشاكل التنمية والمجتمع، وذلك في ضوء رسالة معهد بحوث ودراسات البيولوجيا الجزيئية ويضم القسم التخصصات الفرعية التالية:

• الميكربيولوجيا الجزيئية
• المناعة الجزيئية
• الباثولوجيا الجزيئية
• التشخيص الجزيئي لأمراض الكائنات الحية
• الإخصاب المعملي الجزيئي.