يقدم معهد المواد وعلوم النانو (MNS) خمسة تخصصات وبرامج للدراسات العليا في تخصصات العلوم الأساسية والعلوم التطبيقية، حيث تم تصنيف البرامج المتخصصة المطروحة وفقا لتطبيقات المواد فى المجالات المختلفة،  هذه البرامج هي :

1.  موارد الطاقة المستدامة (SER)
2. العلوم البيئية (ENS)
3. علوم المواد الحيوية (BIM)
4. المستشعرات والأجهزة الإلكترونية (SED)
5. نمذجة وبنية المواد (MSM)

وبناءً عليه تمنح جامعة أسيوط الشهادات والدرجات العلمية التالية للخريجين الحاصلين على درجه البكالوريوس/ الماجستير في العلوم أو ما يعادلها في التخصصات السابق ذكرها بناء على توصية من مجلس المعهد:

1. دبلوم متخصص فى المواد و علوم النانو.
2. درجات الماجستير .
3. درجات الدكتوراه.