يرأس الكلية عميد الكلية ويساعده ثلاث نواب عميد شؤون التعليم والطلاب والدراسات العليا والبحوث وخدمات المجتمع وتنمية البيئة. العميد ووكلاء الكلية هم:
أ.د.جيهان نبيل حسن فتيح
عميد كلية الصيدلة , جامعة أسيوط
أ.د.دينا فتح الله محمد محمد
وكيل الكلية لشئون الدراسات العليا والبحوث
أ.د.حسن رفعت حسن على
وكيل الكلية لشئون التعليم والطلاب كلية الصيدلة , جامعة أسيوط